Aan het hoofd van de organisatie staat de commissaris-generaal. Hij voert specifieke opdrachten uit en beschikt over zijn eigen directies en diensten die binnen het Commissariaat-generaal gegroepeerd zijn.
De commissaris-generaal leidt en coördineert ook drie algemene directies: de Algemene directie van de bestuurlijke politie, de Algemene directie van de gerechtelijke politie en de Algemene directie van het middelenbeheer en informatie.
