Aan het hoofd van de organisatie staat een commissaris-generaal. De commissaris-generaal voert specifieke opdrachten en beschikt over zijn eigen directies en diensten die binnen het commissariaat-generaal gegroepeerd zijn.
De commissaris-generaal leidt en coördineert ook de drie algemene directies.
De commissaris-generaal moet een meer efficiënte geïntegreerde werking tussen de twee niveaus van de politie en de algemene directies en diensten van de federale politie bevorderen.De directeur-coördinators die aan het hoofd staan van de gedeconcentreerde coördinatie- en steundirecties hangen daarom ook rechtstreeks van haar af. Deze directies ondersteunen en coördineren de bestuurlijke politieacties waarbij verschillende politiezones betrokken zijn. Zij vormen de schakel tussen de lokale politiezones en de federale politie.
De Dienst Interne Audit voert operationele audits uit op de werking van de algemene directies en diensten van de federale politie. Bovendien is hij belast met het opstellen van verslagen en het formuleren van adviezen en raadgevingen om de werking van de federale politie te verbeteren.
De Dienst geintegreerd beleid beheert de budgetten en het personeel van de verschillende diensten en directies van de commissarisgeneraal.
Het commissariaat-generaal onderhoudt contacten met de Europese politiedienst (EUROPOL) en met de internationale organisatie voor criminele politie (INTERPOL).
Het commissariaat-generaal ontwikkelt en verzekert de samenwerking met buitenlandse politiediensten. Het levert ook steun aan de lokale politiediensten op het vlak van de organisatieontwikkeling, het financieel beheer, de opmaak van de zonale veiligheidsplannen, enz.